《火影忍者》以漩涡鸣人的成长为主线，讲述一个被村民疏远的少年，若何凭借对峙与同伴迪肟绊，逐步赢得认可，并卷入牵动整个忍界的战争。故事从木叶忍者学堂发展，经过幼队工作、忍者考试、叛逃与追寻，最终走向第四次忍界大战和鸣人与宇智波佐助的决战。下面按五个阶段梳理主线剧情，也串起鸣人、佐助、幼樱、卡卡西等人的关系变动。
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第一阶段：落寞少年组队，波之国工作成立羁绊
鸣人诞生时，九尾袭击木叶，四代火影波风水门将九尾封印在刚诞生的鸣人体内。为了；ご遄，真相被藏了起来；村民对九尾的震惊也落在鸣人身上，使他从幼受萧瑟。鸣人因而用恶作剧和大声宣告吸引把稳，最想得到的，是成为火影并获得各人认可。
从忍者学堂毕业后，鸣人与宇智波佐助、春野樱组成第七班，由旗木卡卡西领导。三人的脾气截然分歧：鸣人周到激昂，佐助默默好胜，幼樱起初更在意佐助，也逐步在职务中展示勇气。波之国护送工作让他们遭逢再不斩与白。鸣人第一次直面忍者世界的凶残，也在白的就义中理解到，敌人同样有珍视的人。这段经历使第七班从一时搭档起头成为彼此悬想的同伴。
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第二阶段：中忍考试风浪，佐助离村引发追寻
木叶中忍考试汇集各村忍者，鸣人、佐助和幼樱在笔试、丛林生计战与正式对决中接受考验。大蛇丸趁机袭击木叶，并在佐助身上留下咒印，诱发他对力量的巴望 ？际云诩，鸣人与日向宁次、我爱罗等人的交手，也让他一次次用行动突破旁人对命运和出身的判断。第三代火影猿飞日斩在木叶崩溃打算中就义，村子随即进入新的动荡。
鸣人追随自来也寻找纲手，但愿她接任火影；途中，他学会螺旋丸，也和自来也成立起师徒般的信赖。佐助则因感触自己追不上鸣人的成长，最终接受大蛇丸的引诱脱离木叶。鸣人、幼樱与鹿丸等人组成追击队，却没能把佐助带回。鸣人沉伤后仍不愿烧毁伴侣，并与佐助约定日后再战。追寻佐助成为尔后故事反复回响的一条主线。
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第三阶段：晓组织现身，鸣人与佩恩之战守护木叶
进入疾风传后，鸣人实现建行回到木叶。晓组织起头捉拿尾兽，砂隐的风影我爱罗也被带走。鸣人和第七班成员赶赴砂隐接济，见证我爱罗从被孤立的少年成长为愿意守护同伴的风影。晓成员不休现身，鸣人一行在营救同伴、网络线索的过程中发现，这个组织背后株连着多国忍者的旧怨与力量抢夺。
佐助脱离大蛇丸后持续查究宇智波一族灭亡的真相，并与哥哥鼬交手。鼬身后，佐助得知灭族事务与木叶高层的决策有关，复仇对象由哥哥转向木叶，离他正本的归乡之路越来越远。与此同时，自来也潜入雨隐村调查晓首脑佩恩，最终就义。佩恩袭击木叶后，鸣人以神仙模式迎战；战斗实现，他没有以仇恨回击，而是与长门交谈，促使对方扭转决定并新生村中死者。鸣人由此获得木叶认可，也起头承担起守护多人的责任。
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第四阶段：五影座谈与第四次忍界大战
佐助袭击五影座谈，试图向木叶复仇，大势迅速升级。鸣人一壁面对佐助越来越极端的选择，一壁致力阻止忍界走向全面战争。宇智波带土向列国宣战，忍者联军成立；鸣人则在奇拉比援手下进建节造九尾力量，并逐步与体内的九喇嘛成立信赖。曾被当作封印对象的九尾，最终成为鸣人能够并肩作战的同伴。
大战中，联军面对被秽土转生新生的忍者、十尾以及宇智波斑 ？ㄎ鳌⒖⑽野薜热烁髯猿械Ｕ匠≡鹑，历代火影也沉返战场。带土从把持战争走向面对自身从前，斑则试图用无限月读让所有人陷入梦乡。随后，辉夜作为查克拉的源头现身，鸣人、佐助、幼樱与卡卡西合力将她封印。忍界大战并不只是力量匹敌，也把失去、仇恨和对和平的分歧理解推到多人刻下。
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第五阶段：终结之谷决战，鸣人与佐助走向和解
大战实现后，佐助仍以为忍界必须通过自己掌控的方式扭转，因而提出成立新的秩序；鸣人则对峙以共同承担来实现和平。两人在终结之谷发展最后决斗，把多年堆集的竞争、误会和悬想全数带进战斗。鸣人始终不愿杀死佐助，也不愿烧毁两人迪肟绊；佐助最终认可鸣人的对峙，接受自己已经逃避同伴的事实。决战实现时，两人都失去一条手臂，却终于不再把对方视作必须打垮的敌人。
佐助踏上赎罪与游历之路，鸣人则持续实现成为火影的妄想。故事从一个巴望被看见的少年启程，以他学会理解他人、守护同伴并获得村子信赖扫尾。贯通五个阶段的主线，是鸣人不休把“落寞的忍者”造成“可能与他人并肩的人”；佐助的归来，则让复仇与交谊这条支线获得回应。
按剧情脉络来看，前两阶段沉点写木叶少年忍者的成长和佐助离村；第三阶段把晓组织与鸣人的责任感推到前台；第四阶段集中发展忍界汗青与战争；最后以终结之谷的决斗收束鸣人与佐助的关系。《火影忍者》的主线因而既是鸣人成为火影的过程，也是两位少年在分支路路上经历失去、选择与和解的故事。
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